灣的翼手目動物(Chiroptera)共6科38種，又分為

陰蝠亞目(Yinpterochiroptera)及陽蝠亞目(Yangochiroptera)

陰蝠亞目：3科7種，狐蝠科(Pteropodidae) 3種、蹄鼻蝠科(Rhinolophidae) 2種、葉鼻蝠科(Hipposideridae) 2種

狐蝠科(Pteropodidae)
由於頭部看來像狐狸所以又稱為狐蝠，其主要以果實、花朵、花蜜為食亦稱果蝠。
臺灣有3屬 3 種，分別為印度犬果蝠(Cynopterus sphinx)、臺灣狐蝠(Pteropus dasymallus formosus)、棕果蝠(Rousettus leschenaultii) 

蹄鼻蝠科(Rhinolophidae)
鼻部特化為馬蹄狀的鼻葉。
有1屬2種，為臺灣大蹄鼻蝠(Rhinolophus formosae) 和臺灣小蹄鼻蝠(Rhinolophus monoceros) 

葉鼻蝠科(Hipposideridae)
鼻部特化為葉狀。
臺灣有2屬2種，為臺灣無尾葉鼻蝠(Coelops frithii formosanus)及臺灣葉鼻蝠(Hipposideros armiger terasensis)    

陽蝠亞目：3科31種，摺翅蝠科(Miniopteridae) 1種、游離尾蝠科(Molossidae) 1種、蝙蝠科(Vespertilionidae) 29種

摺翅蝠科(Miniopteridae)
第三指的第二指節特化較長。
僅1屬1種，為東亞摺翅蝠(Miniopterus fuliginosus) 

游離尾蝠科(Molossidae)
具有可伸縮收展的尾膜以及具有皺摺的吻端。
僅1屬1種，為東亞游離尾蝠(Tadarida insignis) 

蝙蝠科(Vespertilionidae)
翼手目中最大的一科，較不具有明顯特化的鼻吻特徵。大致又可歸分4大群，彩蝠亞科(Kerivoulinae)、管鼻蝠亞科(Murininae)、鼠耳蝠亞科(Myotinae)、蝙蝠亞科(Vespertilioninae)。
共有15屬29種。

台灣蝙蝠名錄