臺灣的蝙蝠
臺灣的翼手目動物(Chiroptera)共6科38種，又分為
陰蝠亞目(Yinpterochiroptera)及陽蝠亞目(Yangochiroptera)
陰蝠亞目：3科7種，狐蝠科(Pteropodidae) 3種、蹄鼻蝠科(Rhinolophidae) 2種、葉鼻蝠科(Hipposideridae) 2種
狐蝠科(Pteropodidae)
由於頭部看來像狐狸所以又稱為狐蝠，其主要以果實、花朵、花蜜為食亦稱果蝠。
臺灣有3屬 3 種，分別為印度犬果蝠(Cynopterus sphinx)、臺灣狐蝠(Pteropus dasymallus formosus)、棕果蝠(Rousettus leschenaultii)
蹄鼻蝠科(Rhinolophidae)
鼻部特化為馬蹄狀的鼻葉。
有1屬2種，為臺灣大蹄鼻蝠(Rhinolophus formosae) 和臺灣小蹄鼻蝠(Rhinolophus monoceros)
葉鼻蝠科(Hipposideridae)
鼻部特化為葉狀。
臺灣有2屬2種，為臺灣無尾葉鼻蝠(Coelops frithii formosanus)及臺灣葉鼻蝠(Hipposideros armiger terasensis)
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陽蝠亞目：3科31種，摺翅蝠科(Miniopteridae) 1種、游離尾蝠科(Molossidae) 1種、蝙蝠科(Vespertilionidae) 29種
摺翅蝠科(Miniopteridae)
第三指的第二指節特化較長。
僅1屬1種，為東亞摺翅蝠(Miniopterus fuliginosus)
游離尾蝠科(Molossidae)
具有可伸縮收展的尾膜以及具有皺摺的吻端。
僅1屬1種，為東亞游離尾蝠(Tadarida insignis)
蝙蝠科(Vespertilionidae)
翼手目中最大的一科，較不具有明顯特化的鼻吻特徵。大致又可歸分4大群，彩蝠亞科(Kerivoulinae)、管鼻蝠亞科(Murininae)、鼠耳蝠亞科(Myotinae)、蝙蝠亞科(Vespertilioninae)。
共有15屬29種。
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台灣蝙蝠名錄
| 特有種 | 特有亞種 | 離島與外島 | ||
| 大蝙蝠科Pteropodidae | ||||
| 臺灣狐蝠 | Pteropus dasymallus formosus | ✓ | ✓ | |
| 印度犬果蝠 | Cynopterus sphinx | ✓ | ||
| 棕果蝠 | Rousettus leschenaultii | ✓ | ||
| 蹄鼻蝠科Rhinolophidae | ||||
| 臺灣大蹄鼻蝠 | Rhinolophus formosae | ✓ | ||
| 臺灣小蹄鼻蝠 | Rhinolophus monoceros | ✓ | ||
| 葉鼻蝠科Hipposideridae | ||||
| 臺灣無尾葉鼻蝠 | Coelops frithii formosanus | ✓ | ||
| 臺灣葉鼻蝠 | Hipposideros armiger terasensis | ✓ | ||
| 蝙蝠科 Vespertilionidae | ||||
| 黃頸蝠 | Arielulus torquatus | ✓ | ||
| 東方寬耳蝠 | Barbastella darjelingensis | |||
| 堀川氏棕蝠 | Eptesicus pachyomus horikawai | |||
| 毛翼管鼻蝠 | Harpiocephalus harpia | |||
| 金芒管鼻蝠 | Harpiola isodon | |||
| 玄彩蝠 | Kerivoula furva | |||
| 臺灣管鼻蝠 | Murina puta | ✓ | ||
| 姬管鼻蝠 | Murina gracilis | ✓ | ||
| 隱姬管鼻蝠 | Murina recondita | ✓ | ||
| 黃胸管鼻蝠 | Murina bicolor | ✓ | ||
| 金黃鼠耳蝠 | Myotis formosus flavus | ✓ | ||
| 赤黑鼠耳蝠 | Myotis ruforniger | |||
| 臺灣毛腿鼠耳蝠 | Myotis fimbriatus taiwanensis | ✓ | ||
| 華南水鼠耳蝠 | Myotis laniger | |||
| 大足鼠耳蝠 | Myotis ricketti | |||
| 長趾鼠耳蝠 | Myotis secundus | ✓ | ||
| 長尾鼠耳蝠 | Myotis frater | |||
| 紅棕鼠耳蝠 | Myotis soror | ✓ | ||
| 寬吻鼠耳蝠 | Submyotodon latirostris | ✓ | ||
| 絨山蝠 | Nyctalus plancyi velutinus | |||
| 東亞家蝠 | Pipistrellus abramus | |||
| 臺灣家蝠 ？ | Pipistrellus taiwanensis | |||
| 山家蝠 ？ | Pipistrellus montanus | |||
| 灰伏翼 | Hypsugo pulveratus | |||
| 臺灣長耳蝠 | Plecotus taivanus | ✓ | ||
| 高頭蝠 | Scotophilus kuhlii | |||
| 大高頭蝠 ？ | Scotophilus sp. | ✓ | ||
| 霜毛蝠 | Vespertilio sinensis | |||
| 摺翅蝠科 Miniopteridae | ||||
| 東亞摺翅蝠 | Miniopterus fuliginosus | |||
| 游離尾蝠科 Molossidae | ||||
| 東亞游離尾蝠 | Tadarida insignis | |||